Năm 2007, ông được Nhà nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam tặng Huân chương Sao Vàng.

Năm 2012 ông được Nhà nước trao tặng Huy hiệu 75 tuổi Đảng.[15]

Chiều 20.6, tại Trụ sở Chính phủ, Đảng ủy Văn phòng Chính phủ (VPCP) đã tổ chức lễ trao tặng Huy hiệu Đảng, Huân chương Độc lập và Bằng khen của Đảng ủy khối các cơ quan T.Ư cho các đảng viên của Đảng bộ. 13 người được trao tặng Huy hiệu Đảng đợt này, trong đó có hai người nhận Huy hiệu 80 năm tuổi Đảng gồm nguyên Bí thư T.Ư Đảng Nguyễn Văn Trân; nguyên Bí thư T.Ư Đảng, nguyên Phó thủ tướng Nguyễn Côn.

Ngày 7 tháng 12 năm 2018, ông Nguyễn Văn Trân qua đời.[1] Ngày 14 tháng 12 năm 2018, Ban Chấp hành T.Ư Đảng, Chủ tịch nước, Chính phủ, Quốc hội, Ủy ban T.Ư MTTQ Việt Nam và gia đình đã tổ chức trọng thể Lễ viếng với nghi thức lễ tang cấp Nhà nước.[16]